1945年12月,縣商會集資(約計20擔糧食的錢),在縣直機關駐地陳莊創辦墾利縣農民醫療診所。1948年初,利用原“仁和堂”私營藥鋪的房屋,將農民醫療診所擴建為農民醫院(亦說“公民醫院”)。1950年夏,更名為墾利縣衛生院。1962年8月起,開始籌建墾利縣人民醫院。1962年10月1日,墾利縣衛生院改稱為墾利縣人民醫院。2016年8月2日,撤銷墾利縣,設立東營市墾利區。后更名為墾利區人民醫院。2019年4月8日,更名為東營市第五人民醫院?,F位于墾利區新興路99號。
2012年,被確立為全國第一批311所縣級公立醫院改革試點醫院之一;2013年,被國家衛生計生委授予“基層醫院慢性疾病管理標準宣貫基地”稱號;2015年,被確定為全國500家縣級公立醫院改革重點扶持醫院,在全省縣級公立醫院改革考核評比中取得全省第九名的成績; 2015年5月,醫院成為醫療機構消毒與感染控制國家級監測點;2015年11月,被確定為全國早期胃癌篩查項目單位; 2018年1月,被授予“全省衛生計生系統先進集體”; 2020年12月,被授予“東營市抗擊新冠肺炎疫情先進集體”。